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  室外機ユニットが2台あり、それぞれ圧縮機が搭載されています。
  2台それぞれにシールを貼り機器を管理していましたが、2台を1セットとし
  1台で管理するという考え方もあります。

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  ご質問をいただきました件につきまして、
  「冷媒系統がつながっていれば1台、そうでなく別々であれば2台」と判断します。
  ですので、冷媒系統が一緒でつながっている場合は1台として、圧縮機電動機の出力も
  合計することになります。
  （合計値で、定期点検対象機器か否かも判断します。）
  その場合は、ログブックも1つでよろしいかと思います。
  必要であれば「備考欄」に仕様の詳細をご入力下さい。（例.室外機ユニット2台有等）
  
  〔ご参考資料：フロン排出抑制法Q&A（第3版）No.44をご参照ください〕
  http://www.env.go.jp/earth/ozone/cfc/law/kaisei_h27/furon-act_faq_ver3.pdf